Дезінтеграційні процеси в югославській федерації призвели до її розпаду на початку 90-х років. Це спонукало національно-політичні сили Македонії до проведення референдуму стосовно ЇЇ майбутнього. За підсумками референдуму у вересні 1991 р. 95 % його учасників висловилися за незалежність, суверенітет та вихід Македонії зі складу СФРЮ.

17 вересня 1991 р. парламент республіки ухвалив Декларацію про державний суверенітет Македонії, а в жовтні — конституцію, згідно з якою Македонія проголошувалася суверенною, самостійною, демократичною та соціальною державою. Першим президентом Македонії був обраний К.Глігоров. У лютому 1992 р. між урядом та командуванням Югославської народної армії (ЮНА) була укладена угода про передачу зброї та вивід її підрозділів з Македонії, що й було невдовзі зроблено. Однак

процес міжнародного визнання молодої держави, незважаючи на підтримку країн-членів ЄС, заблокував уряд Греції. З огляду на існування грецької провінції Македонія він зажадав зміни назви сусідньої країни, відмови її від затвердженої державної емблеми - «зірки Вергіни» - та скасування статей конституції, у яких ішла мова про захист прав македонських меншин за

кордоном. На засіданні Зборів республіки були прийняті поправки до конституції, у яких декларувалась відсутність будь-яких територіальних претензій до сусідніх країн. У лютому 1994 р. уряд Греції запровадив економічні санкції та заблокував прийом Македонії до Ради.